通常医生是不会同意内膜只有5mm的女性移植两个囊胚的，因为这种情况属于内膜过薄，并不适合移植，更别说移植两个胚胎了。试管移植前，女性内膜厚度要在8-14mm之间，这是移植的最好时机，同时临床上规定，内膜厚度需大于7mm才可开展移植手术，若在内膜5mm时进行移植，就算能移植成功，胚胎后期也很难正常发育，很有可能发生生化妊娠、胎停育的情况。因此，建议女性移植前一定要听医生的，先到医院进行详细体征检查，若是机体不符合移植标准，要在医生指导下调理与治疗，待子宫内膜厚度达到标准后再移植。

子宫内膜过薄会影响移植成功率，通常引起子宫内膜过薄的原因有女性体内激素水平偏低或内分泌失调，还可能是因为人流手术、刮宫手术等过程中，对内膜造成了损伤，而子宫内膜过薄对试管婴儿造成的影响主要有有：1、子宫内膜过薄会影响胚胎的存活率，容易导致胚胎不着床；2、子宫内膜薄可能会引起宫腔粘连，移植成功后可能会出现习惯性流产；3、子宫环境不好的话，孕后期孕囊和胎儿的生长发育会受到限制。

子宫内膜只有5mm时不建议移植，若是想要移植两个囊胚，首先要对子宫内膜进行改善，可使用激素替代治疗方案，调理子宫环境，提高试管成功率。在日常生活中，患者也可以从饮食入手来改善子宫内膜厚度，比如多吃豆类等有营养的食物，增加子宫内膜的容受性。