囊胚移植后有一次腹部两侧特别疼，有可能是着床失败的标志，也有可能是其他原因导致的，例如胚胎着床成功、肠胃疾病、宫外孕等，建议患者最好是去医院做个详细检查，查明原因后，在医生的指导下做针对性治疗。另外，患者在移植后要多注意观察身体变化，若出现腹痛严重、阴道大量出现等情况，要到医院检查，及时采取措施治疗，避免对身体造成伤害。

正常情况下，囊胚移植后女性不会有太明显的感觉，但有少数人在移植后3-4天左右，会出现腹部两侧隐隐作痛等不适反应，其原因不完全是胚胎着床失败，也可能与以下因素有关：

1. 1. 前期促排卵的副作用：女性做试管为获取有用卵子，在前期会进行促排卵治疗，而有些人可能是在取卵周期进行的胚胎移植，此时促排药物在女性体内有残留，对卵巢造成了一定刺激，因而造成腹部不适的情况出现；
2. 2. 月经来潮：如果在试管婴儿胚胎移植后，月经正常来潮，则代表移植失败。如果想再次移植，需要先告知医生，然后根据失败的的原因做相关诊断后，再进行有效的身体调理，便于下次胚胎移植成功率的提高；
3. 3. 肠胃疾病：试管婴儿移植后试管妈妈的运动量相对而言就会减少，使得肠胃蠕动变慢，如果饮食上还没有忌口，经常吃生冷辛辣的食物，可能会导致肠胃疾病的发生，从而引起腹痛；
4. 4. 先兆流产：试管婴儿移植后出现腹痛确实有先兆流产的可能性，这种情况往往伴随着非常强烈的痛感，如果出现这种状况就要及时就医。

总而言之，移植囊胚后腹痛要具体问题具体分析，不能简单下定论。且移植后出现腹痛的现象是很正常的，大多数试管妈妈都会遇到这个问题，一般情况下这种症状过段时间就能减弱甚至消失。但如果出现腹痛症状比较明显，且时间较长并无明显减弱的现象，应立即去医院就诊。