试管婴儿辅助孵化可能会影响到胚胎质量，试管婴儿辅助孵化的弊端是辅助孵化存在一定的风险，有可能在孵化的过程中伤害到胚胎，提高了胎儿畸形率，也增加了单卵双胞胎的风险，可能会出现连体婴儿等情况。虽然试管婴儿辅助孵化存在损伤胚胎的可能，但也大大的提高了胚胎着床的成功率，医生一般会根据试管患者的具体情况来决定是否辅助孵化，女性朋友只需要配合医生就好，毕竟任何技术都存在一定的弊端，不能保证100%安全可靠。

试管婴儿辅助孵化适合于高龄女性、胚胎透明带厚、多次移植胚胎失败的女性试管患者，在胚胎移植前进行辅助孵化，可以让胚胎在移植后更加顺利的破壳而出，利于胚胎与子宫内膜接触，产生相应的激素提高试管成功率。下面就说说试管婴儿辅助孵化有什么弊端，具体如下：

1. 1. 试管婴儿辅助孵化是有潜在损伤胚胎的可能，对胚胎质量正常影响，同自然妊娠一样，胚胎辅助孵化妊娠后可能发生流产、异位妊娠、胎儿畸形等其他妊娠和分娩并发症；
2. 2. 胚胎辅助孵化指的就是胚胎移植的过程中，通过一些人为的方式来进行辅助孵化，从而增加胚胎破壳而出的几率，但在这个过程中有可能出现宫外孕的，因为在胚胎移植的过程中，胚胎有可能游走至输卵管，在输卵管着床而形成宫外孕；
3. 3. 试管婴儿辅助孵化会增加单卵双胎可能性，若出现三胎及三胎以上妊娠必须进行减胎术。试管婴儿辅助孵化甚至有形成连体而的可能，因此，对于负责孵化的选择应该非常慎重。

以上就是试管婴儿辅助孵化的弊端，但是在试管婴儿的治疗过程中，胚胎培育的时候，对于一些年龄稍大或者胚胎透明带较硬较厚的女性患者来说，总是要用到辅助孵化技术的。虽然辅助孵化确实存在损伤胚胎的可能，但以目前的技术来看，选择专业正规的医院，可以在很大的程度上避免此类现象的发生。