囊胚移植后13天早孕试纸第二条杠颜色很浅是正常的，因为13天的时间相对比较短，尿液当中的HCG浓度还不够，另外，还有可能是胚胎发育不良，导致HCG含量不升高，从而出现早孕试纸第二天杠很浅的现象。建议患者再等一段时间再测一次，除此之外，还可以在14天后去医院做血液人绒毛膜促性腺激素检查，这样会更加的精准一些。

临床上来讲，如果试纸是一条杠说明没有怀孕，但如果是一深一浅，属于弱阳，所以在第十三天试纸颜色浅还是有移植成功的可能的。而囊胚移植成功率要略高于胚胎移植，其是体外培养的最终阶段，所以拥有较高的着床能力，一般在3-5天就能完成着床，最晚不超过7天，大部分姐妹在10天左右就能测出明显印记，如果在第13天试纸还是很浅，可能是以下原因导致：

1. 1. 着床时间较晚：如果女性的子宫内膜厚度不佳、分布不均匀、存在疾病那么就会导致囊胚着床较晚；
2. 2. 异位妊娠：正常情况下女性囊胚移植13天体内hcg含量是较高的，如果含量较少，需要考虑宫外孕的可能性；
3. 3. 胚胎生化：囊胚移植后着床了，但是后期不能提供足够的营养，就会导致其出现生化妊娠的情况。

以上就是囊胚第13天第二条杠很浅的原因，所以如果出现这种情况，建议大家先不着急，先观察之后的变化，如果后期第二条杠加深，就说明着床成功，如果第二天杠不加深，就需要及时到医院检查处理。