一般来说，公司不能无故开除怀孕请假超过三个月的女职员。因为国家的法律规定女职工处于怀孕、哺乳期时，用人单位不能将其辞退。因此，员工在怀孕期间请假超过三个月后，仍然享有继续工作的权利。而且女职工在孕期不能适应原劳动的，用人单位应当根据医疗机构的证明予以减轻劳动量或者安排其他能够适应的劳动。女劳动者在怀孕期间，用人单位是不可以随便辞退的，否则需要作出相应的经济赔偿。

怀孕请假公司可不可以开除

根据中国劳动法规定，员工怀孕请假需要得到充分的保护和尊重。在大多数情况下，公司不得因为员工怀孕请假三个月以上而直接开除员工。但是以下一些情况，公司是可以考虑解雇员工：

1、严重违反公司的行为准则或员工纪律：如果员工在怀孕期间违反了公司的行为准则，例如盗窃、欺诈或其他严重违规行为，雇主可能会考虑解雇员工。然而，在这种情况下，解雇应该是因为违反行为准则，而不是因为员工怀孕;

2、工作能力严重受到影响：如果员工在怀孕期间无法履行工作职责，且经过合理的调整和安排后仍然无法满足工作要求，雇主可能会考虑解雇员工。然而，在这种情况下，雇主应该提供合理的调整和支持，例如调整工作时间、提供更轻松的工作任务或提供适当的休息时间;

3、公司经营需要：如果公司面临严重的经营困难或重组，雇主可能会考虑解雇员工。然而，在这种情况下，雇主应该根据合理的程序和标准来进行解雇，例如提前通知员工、支付相应的赔偿或遵循其他合理的解雇程序。

综上，员工怀孕请假超过三个月后，公司是否可以直接开除她们，需要根据具体情况来判断。从法律层面来看，公司在员工怀孕期间是无权直接开除她们的，而从公司政策角度来看，如果公司的政策与法律规定一致且合理，那么公司是有权直接开除员工的。