男方染色体异常怀孕后确实不能做无创dna检查，只能通过羊水穿刺检查来明确判断胎儿的发育情况。因为无创dna检查主要是通过抽取母体的静脉血，从中提取胎儿游离在母体血液中的DNA来进行判断的，其检查结果并不准确，只有羊水穿刺检查结果才是判断胎儿是否存在异常的金标准。因此，鉴于优生优育的角度，一般建议夫妻一方有染色体异常的情况，在怀孕后最好是通过羊水穿刺检查来明确胎儿的具体情况。

无创dna又被称为产前检测技术通过采取女性静脉血，在新一代dna检测技术对母体外周血浆中的游离dna片段进行检测，并根据结果判断胎儿的遗传信息是否正常，但在检查中，并不是所有的准妈妈都要做。例如出现以下几种情况，那么做无创的准确性可能会有所下降，是不适合做无创检查的，需要考虑直接做羊水穿刺。如下：

1. 1. 孕妇年龄过大：由于孕妇年龄过大，导致胎儿畸形率增高，但是无创DNA针对染色体的检查有限，并不能将所有的染色体都进行筛查，所以医生不推荐做无创DNA。孕妇年龄过大，建议做羊水穿刺，可以确定胎儿发育情况；
2. 2. 结果受多种因素影响：如果是双胎或者多胎妊娠、有母体肿瘤、胎盘嵌合体等情况，会影响到无创DNA的检查结果，降低结果的准确性，因此，无创dna检查的结果仅可作为参考，不能作为诊断胎儿发育异常的依据；
3. 3. 夫妻中一方有明确的染色体异常：无创检查存在局限性，比如无创只能检查13、18、21号这3种常见的染色体异常，而羊穿可以检查更多种类的染色体异常。若是夫妻中一方有染色体异常的情况进行无创检查的话，可能会存在误诊、漏筛的情况，所以并不建议男方染色体异常怀孕后做无创检查，可直接进行羊水穿刺，明确胎儿的发育情况。

综上所述，由于羊穿检查是确诊染色体异常的指标，所以在无创DNA检测中一旦出现了异常，都需要进行羊穿检查来进一步确定是否胎儿存在染色体异常。如果确诊存在染色体异常，为了避免孕妇产生过重心理负担以及出现畸形儿的可能，医生都会建议孕妇选择考虑终止妊娠。