胚胎做基因检测可以帮助家庭筛选出携带遗传疾病风险的胚胎，从而减少将来孩子患病的可能性。然而进行这项技术是会面临一些风险的，即进行基因检测需要取得胚胎细胞样本，这可能对胚胎造成伤害，其次在基因检测中可能发生误诊，即将携带正常基因的胚胎错判为异常，或将携带异常基因的胚胎错判为正常，此外当前的基因检测技术也无法覆盖所有已知和未知的遗传疾病。
胚胎做基因检测的风险
怀孕之后，准妈妈与准爸爸最大的愿望就是生一个健康有聪明的孩子，但是一些意外会降临在胎儿的身上，尤其是一些遗传病，所以很多人寄希望于基因检测，而且对于一些做三代试管婴儿的家庭来说，在移植前也是会进行基因检测的，以达到优生优育的目的。但是胚胎着基因检测会有一定风险，即：
伴随着手术操作风险
进行基因检测需要取得活体细胞样本，这通常可以通过取用早期囊泡或羊膜绒毛组织来实现，这个过程可能对于正在发育中的胚胎个器官造成一定的损害，从而在一定程度上就会有增加流产和其他并发症的风险。
误诊的可能性
基因检测技术的准确率在目前来说，并非能够达到百分之百，而且还存在一定的误诊概率，这意味着有可能将本应正常的胚胎误判为异常，或者将本应异常的胚胎误判为正常。这种误诊可能导致家庭在选择时做出错误决策。
遗传疾病筛查范围有限
目前可用于筛查的遗传疾病种类有限，虽然已经可以涵盖一些较常见和严重的遗传疾病，但仍然无法覆盖所有已知和未知的遗传变异。此外对于复杂性遗传疾病如心血管疾病、精神障碍等，并没有明确有效的基因检测指标。
心理和伦理问题
进行胚胎基因检测会涉及到家庭对未来子女健康问题的担忧和期待，如果检测结果是阳性，则家庭需要面临是否终止妊娠或接受预防性治疗的抉择，而这种抉择往往涉及到复杂的伦理和道德问题，可能给家庭带来巨大压力和困惑。
