三代试管婴儿5个胚胎最后只有一个正常，多与胚胎染色体异常有关，若是自然怀孕的话，女性出现流产、胎停、胎儿发育畸形等概率，会相对较高。当然，5个胚胎最后只有一个正常，也可能与医院的技术、设施设备等有关，具有需根据患者的身体情况来看。如果夫妻双方染色体存在异常或有携带家族遗传性疾病的话，最好还是通过三代试管助孕，降低畸形儿出生概率，做到优生优育。

一般来说，做三代试管婴儿的都是携带家族遗传性疾病或自身染色体存在问题的夫妻，可以通过PGD筛查挑选出正常健康的胚胎移植到女性宫腔内，而该类患者自然怀孕，胎儿出现畸形的概率较高，其具体原因如下：

• 三代试管胚胎筛查只有一个正常，说明夫妻双方携带家族遗传性疾病或自然存在染色体异常的概率较大，如果自然怀孕，那么出现受孕困难、流产、胎停、胎儿发育畸形的概率也相对较高；
• 因为做三代试管的患者一般都是染色体有问题或携带家族遗传病的，三代试管基因筛选的目的就是筛选掉异常的移植，保留正常的囊胚进行移植，所以这类患者如果自然怀孕的话，胎儿出现畸形的概率较高；
• 三代试管5个胚胎最后只有一个正常，自然怀孕畸形率高，是因为三代试管可以在胚胎植入子宫前，针对胚胎中的相应染色体异常或已知致病基因突变进行的排除性遗传学检测，淘汰的胚胎都存在染色体异常的情况，如果自然怀孕出现不良妊娠的情况较高。