巧囊6cm不手术直接做试管婴儿，可能会影响到试管婴儿的成功率，同时在试管移植成功后还会影响到胚胎的生长发育，容易出现流产、胎停、生化妊娠等情况。另外，巧囊6cm是比较严重的情况，患者一定要引起重视，否则在试管期间出现囊肿破裂，不仅会出现腹膜刺激征，还会引起周期性便血、尿血等，甚至造成腹腔粘连，严重影响到女性的生命健康。因此，建议巧囊患者在试管前先进行治疗，待身体恢复后，再进行试管婴儿。

巧囊也就是卵巢巧克力囊肿，是一种特殊类型的子宫内膜异位症，在早期病变很小的时候，它位于卵巢的浅表皮层，随着病变的发展，异位的内膜会侵犯到卵巢的皮质，并且在皮质内生长，并反复的周期性出血，就形成了一个或者是多个的囊性结构。因此，在试管取卵的时候，可能就会影响到试管成功率，以下是巧克力囊肿做试管婴儿要注意的事项，具体如下：

1. 1. 如果是复发的卵巢巧克力囊肿，不建议再次手术，避免再次卵巢储备功能损伤。如果卵巢巧克力囊肿比较小（小于3cm），一般不处理，直接做试管婴儿。大于4cm以上，可穿刺后再做试管婴儿；
2. 2. 并非所有巧克力囊肿患者在做试管婴儿之前都要先治疗，腹腔镜手术在手术过程中也是有一定几率会损伤卵巢功能，这样会不利于试管胚胎着床后胎儿的生长，但这种方法只适合囊肿较小的不孕患者，囊肿较大还是先治疗比较靠谱；
3. 3. 巧克力囊肿的女性在通过试管婴儿助孕之前是否要对该病进行治疗应事先咨询生殖医生，通过医生对囊肿的分析并权衡利弊，再按照医生的建议进行选择。

总的来说，巧克力囊肿6cm是比较严重的情况，为了不影响到试管婴儿的成功率，一般都是建议患者在巧囊手术后再做试管婴儿助孕，患者在日常生活中注意饮食清淡，且注意少食用富含雌激素的豆浆、豆腐等食物。