第三代近亲结婚后虽然能做三代试管婴儿筛查基因病，但是筛查基因病的准确率只有90%以上，并非百分百的成功率，所以即使第三代近亲结婚的患者进行试管婴儿助孕也可能会让后代出现基因病的概率，因此第三代近亲做试管的患者还移植成功后，还需要在医生的指导下进行多种孕期检查，比如抽血检查、B超检查和排畸筛查等相关检测等，以此来判断胎儿的发育情况是否正常。

我国婚姻法明文规定，直系血亲和三代以内的旁系血亲禁止结婚，这类人群婚后生育的后代容易患有先天性畸形和各种遗传病等，并且畸形的概率性会明显的增加，通常情况下也会比正常的夫妇生育的孩子出现基因病的概率高很多倍，因此第三代近亲结婚是不被允许的。

此外，第三代近亲结婚后，若是夫妻双方并未携带了共同的致病基因，也不能百分百保证所生育的孩子基因病有问题，但是患病的几率会高于非近亲结婚的人群，并且目的的试管婴儿目前最高的三代试管筛查也只能筛查125中染色体疾病，并不能完全筛查所有的基因病种类，所以第三代近亲结婚生的孩子即使通过试管助孕，也可能会有下一代致病的概率。