输卵管积水不会引起胎儿畸形，因为输卵管积水是微生物感染引起的，微生物可直接进入宫腔，影响胚胎着床，导致流产或者不孕。但是如果此时女性已经怀孕了，那并不会导致胎儿畸形。但是不排除孕期女性因为输卵管积水服用大量药物，导致胎儿发育出现异常，但这种可能性都很小。通常来说，输卵管积水的女性需要担心积液中的有毒物质会不会使得胚胎生化，或者使得胚胎受到感染。畸形一般是胚胎自身染色体异常导致的，可能也来源于父母遗传因素，和输卵管积水没有太大关系。