巧克力囊肿9cm算是比较严重的了，如果不做手术是有一定几率发生癌变的。正常情况下，女性子宫的长度大概在7.5-14cm之间，巧克力囊肿9cm已经算是占据子宫绝大多数面积了，出现囊肿破裂的风险很大，如果不及时进行手术治疗，那么巧克力囊肿破裂，囊肿里面的物质流出，就可能会危机到患者的生命。因此，巧克力囊肿9cm时，患者必须要及时进行手术切除，避免后期对身体造成较大危害。

理论上来说，巧克力囊肿癌变的几率很小，不超过5%。但是长期的巧克力囊肿，比如有10年、15年、20年的人，会发现巨大的巧克力囊肿一直保留在体内，没有做手术的时候往往会有癌变的可能。所以发现卵巢囊肿9cm时必须及时手术，不能长在体内。以下是巧囊9cm不治疗的后果，具体如下：

1. 1. 巧克力囊肿是进行性加重的，囊肿的包块会逐渐增大，如果与周围组织形成粘连会导致患者出现慢性的腹痛、排便痛或者尿痛等临床表现；
2. 2. 巧囊9cm不治疗可能会出现妇科急腹症，比如巧克力囊肿破裂而导致急性腹痛或者因出血量多，而引起血压下降、心率加快、四肢发凉、意识模糊等失血性休克等临床表现；
3. 3. 巧克力囊肿不治疗会影响到女性卵巢功能影响到排卵，也可能会影响到输卵管通畅度，影响到女性怀孕，由于巧克力囊肿造成不孕在临床上很常见，巧克力囊肿要及时给予相应治疗。

综上所述，巧克力囊肿9cm不进行手术治疗的后果是很严重的，有些巧克力囊肿的患者在发病的初期并没有重视疾病的治疗，使得病情不断的加重，每次来月经的时候都痛得死去活来，甚至影响到了正常的生活和工作。或者说病程持续的时间比较长，总是反复不愈，用一般的治疗方法是没什么效果的，所以必须要尽早的做手术来进行治疗。