巧克力囊肿长到5公分破裂做手术后可能会出现输卵管堵塞、月经不调、盆腔组织粘连等后遗症。如果患者当时使用的是开腹切口的手术的话，还可能会造成切口处疤痕增生等不适反应。而如果患者巧克力囊肿破裂后采用的是腹腔镜手术治疗，那么在手术后就可能会对卵巢组织造成一定的伤害，影响到卵巢的功能，从而导致女性的卵巢功能衰退。且由于每个患者的身体情况不同，手术后会出现的后遗症也是因人而异的。建议女性术后定期复查，降低出现后遗症的概率。

巧克力囊肿是由子宫内膜腺体间质移位到卵巢所引起的囊肿，这是由于子宫内膜碎片移位到了卵巢所形成的包裹性的囊肿。在平时来月经时囊肿会出现一个比较明显的疼痛，而且囊肿会逐渐的增大，当囊肿大于5公分就可能会出现破裂的风险，而一般在囊肿破裂后做手术，后期可能会出现以下症状：

1. 1. 导致不孕：巧克力囊肿一旦破裂就会使得输卵管被堵，导致卵巢的排卵功能无法正常运行，从而大大降低了患者朋友的受孕几率。而要是两侧都患有巧克力囊肿疾病，则出现不孕的几率更高；
2. 2. 月经不调：巧克力囊肿破裂过后，积血流到盆腔就会使得患者朋友出现小腹疼痛、月经不调、性生活疼痛等现象，并且导致盆腔器官粘连在一起，从而严重影响到患者的身心健康；
3. 3. 盆腔组织粘连：巧克力囊肿破裂手术后还有可能会造成盆腔组织器官的粘连，患者可能会出现下腹部不适，甚至疼痛等临床表现，有一部分患者还会出现性生活时出现腹部疼痛的现象。

综上所述，巧克力囊肿破裂的危害是较为严重的，即使通过手术治疗后期也还是会留下大大小小的后遗症。因此，建议有该病症的患者，及时就诊。另外，在手术治疗后定期去医院做好复查，身体恢复后也最好都能够每年去医院做个详细的身体检查，以免自己患上妇科病也不知道，耽误治疗时间，影响生育。