一般情况下，囊胚移植46天后，胚胎已经着床稳定了，会在女性子宫内汲取营养正常发育，不会出现有咖啡色血流出的现象，如果肚子并没有疼痛症状，那可能是黄体功能不足导致的胚胎先兆流产，这种情况并不正常。但除此之外，也有可能是女性在孕激素和刺激素升高后，刺激到子宫内膜造成轻微剥落引发的流血，这就属于正常情况。建议女性应立即前往医院进行产检，确定出血原因。

女性在囊胚手术移植46天后，胎儿还比较脆弱，任何轻微的影响都可能导致胚胎发育出现异常，再加上每个女性的情况不同，体质也存在差异，因此很难判断原因知道其正常与否，详细如下：

• 少数女性在囊胚移植术后，身体机能更加敏感，对于术后服用的一些保胎激素药物的耐受性较差，因此在激素突然升高后难以适应，造成子宫内膜剥落有咖啡色血流出，但因为这种情况并不严重，一般在1-2天后出血症状就会自行停止，因此肚子不会有疼痛感，这属于正常生理因素，不需要过多担忧；
• 女性本身黄体功能不足，无法分泌足够的孕酮和HCG来供给胚胎发育所需的营养，出现胚胎停育引发先兆流产，症状不严重时也只会流出咖啡色血但肚子不疼，另外异位妊娠也会使女性在术后46天流出咖啡色血，不加以治疗后期会伴随剧烈腹疼。这些情况是属于胚胎发育存在问题，并不正常，需要前往医院治疗；
• 如果女性在囊胚移植后，不注意自身私密部位的清洁，加上术后体质虚弱，病原体进入阴道引发炎症，造成女性阴道壁充血并且出现一些出血点。这种出血现象并不严重，也会导致女性留出咖啡色血，因为并没有影响到子宫所以肚子不疼。另外盆腔炎、宫颈炎也会引起类似症状，这种情况也不属于正常范畴。

总之，女性囊胚移植46天有咖啡色血流出，但肚子不疼的原因有很多，只有前往医院进行全面的检查，才能确定原因并判断正不正常。建议女性不要过于担忧或者自行用药，应该及时前往医院听从医生医嘱，在医生指导下治疗，避免症状严重给胚胎发育和女性自身健康带来隐患。